my.cnfの追記の例

[mysql]
デフォルトの文字コード

default-character-set=utf8

タブで入力の補完。ディストリによってはデフォルト (mysql -u xxx --no-auto-rehash で確認)

auto-rehash

[mysqld]
デフォルトの文字コード

default-character-set=utf8

必ずutf8のデータが来る場合。こないとバックアップ、リストア時に悲惨かもしれない。
SELECT CHAR_LENGTH('全角の文字'); がおかしいが気にしない場合 default-character-set=binary をいろんな[xxx]に書いとけば良い。文字列関連がおかしくてもいいのであれば早くなるかもしれない。

skip-character-set-client-handshake

例えばもし5.0.xxの低いバージョンから5.0.xxの高いバージョンにアップしてリストアできなくなり、実はlatin1のテーブルにutf8,sjis,eucjpなどのlatin1以外を入れていたぜ、ということであれば、該当する低いバージョンのソースかrpmなどを探して他のどこかにインストールしてリストアして成功して再度binary指定でバックアップして、などやれば助かるかもしれません。
例えば、

show create table tablename;
 CREATE TABLE `tablename` ... CHARSET=latin1

であれば特に文字コードについてマニュアルを読むべきです。
latin1は特殊な値ではなく文字コードなので、例えばsjisをeuc-jpとして扱うと文字化けするのと同じようなミスです。
関係ないですが
http://www.php.net/manual/ja/function.mysql-set-charset.php

注意: 文字セットを変更するにはこの方法を使うことを推奨します。 mysql_query() で SET NAMES .. を実行する方法はお勧めできません。

どこかでsjisのバックスラッシュに関するドライバの設定云々と読んだような気がします。

//mysql_query("set names xxx");
mysql_set_charset("xxx");

/var/lib/mysqlのディレクトリを変更

datadir = /mnt/share/mysql

CREATE TABLE ... ENGINE=InnoDB ... 指定無しのデフォルト値

default_table_type = innodb

datadirのbinlogを10日後に消す

expire_logs_days = 10

接続数

max_connections = 80

管理(rootなど)用に残す

max_user_connections = 72

mysqlの中のプロセスの作成が再利用される。

thread_cache_size = 32

普通のアプリのタイムアウト。バッチ処理の場合に伸ばす。SET wait_timeout=86400;SET GLOBAL と書くと変えられる場合は戻さないとずっとそのままです。

wait_timeout = 30

SQL文の長さのMAX

net_buffer_length = 16K

myisam用の重要な値。msqyl専用のmyisam専用のサーバーの場合 5～9割

key_buffer_size = 128M

テーブルごとのfopenの保存する数。1024以上の場合制限解除(/etc/security/limits.conf). 1ユーザー1テーブルとかの場合、リリース後であれば祈る。

table_cache = 256

たぶんmyisamのselect専用のキャッシュ

query_cache_size = 32M

index無しソート

sort_buffer_size = 8M

myisam用？

myisam_sort_buffer_size = 8M

ランダムリード

read_rnd_buffer_size = 4M

連続リード

read_buffer_size = 4M

index無しjoin

join_buffer_size = 2M

内部データ。エラーがログに出る。増やす。出る。増やす。

innodb_additional_mem_pool_size = 16M

重要な値。msqyl専用のinnodb専用のサーバーの場合 5～9割

innodb_buffer_pool_size = 2048M

テーブルのファイルばらばら。管理の利点、サイズ増えすぎない。

innodb_file_per_table = true

commit時にディスク書き込み

innodb_flush_log_at_trx_commit = 1

バッファリングの重複をoff

innodb_flush_method = O_DIRECT

ログのメモリ

innodb_log_buffer_size = 16M

ログのファイル (/var/lib/mysql/ib_logfile0,1)バージョンによって変更後にリスタートでエラーor変化しない。変化させたい場合は消してからリスタート。

innodb_log_file_size = 64M

ログのファイル数 (/var/lib/mysql/ib_logfile0,1)

innodb_log_files_in_group = 2

手順
http://dsas.blog.klab.org/archives/50860867.html
mymemcheck を鵜呑みにする。
http://linux.mini13i.gotdns.org/?MySQL%2F%BA%C7%C5%AC%B2%BD%2F%A5%B5%A1%BC%A5%D0%A5%D1%A5%E9%A5%E1%A5%BF
他にも沢山解説サイトがあるので読む。
http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/ja/innodb-start.html
そして上記などの公式サイトの説明を読む。

$ mysqladmin variables

未設定時のデフォルト値がわからないので見る。
mysqlクラスターには関係ない。